2016 年6月13日 至 6月 20日 ，2016年“特步”全国大学生足球联赛超级组总决赛在上海同济大学举行。北航足球队经过奋力拼搏，最终战胜东道主同济大学，获得季军，同时也获得体育道德风尚奖。

  经过地区赛、南北分区赛的层层选拔，共有十六支球队最终获得了参加全国总决赛的资格。北航足球队被分在C组，小组赛以三战全胜战绩进入淘汰赛。在四分之一决赛中，淘汰山东大学足球队挺进全国四强。在三四名决赛中北航淘汰东道主同济大学获得全国季军，冠亚军分别由北理工和河海大学两支参加全国乙级足球联赛的队伍获得。

赛前校党委副书记程基伟教授对于整个高水平运动队的发展进行了动员和布置，足球队主教练及领队高度重视此次全国大学生足球联赛，全队吸取教训，刻苦备战，顽强拼搏，最终荣获全国季军，